アクティブボード・２０１１年１０月
　　　　　・・・・・２０１１年１０月　３日更新・・・・・

研究発表を行った学会；
・第３３回日本分子生物学会年会
　２０１０年１２月　７日〜１０日（神戸）

タイトル；EGTCマウスラインのKEGG PATHWAY解析.

発表者；荒木　正健　氏
　　　（熊本大学　生命資源研究・支援センター　バイオ情報分野）
Abstract；
　我々は、遺伝子の機能解析を行うために有用なバイオリソースとして、可変型遺伝子トラップクローンデータベース（EGTC）を構築し公開している[http://egtc.jp]。2010年６月末時点で、ES細胞として847クローンを登録しており、そのうち321クローンについてはES細胞からキメラマウスを作製し、マウスラインを樹立して、CARD R-BASE
[http://cardb.cc.kumamoto-u.ac.jp/transgenic/index.jsp] に寄託済みである。
　そこで今回、CARD R-BASEに寄託しているマウスラインについて、トラップしている遺伝子の解析を行ったので報告する。
　CARDに寄託している321マウスラインの中で、既知遺伝子をトラップしていたのが277ライン（86.3%）、EST情報しか無いのが25ライン（7.8%）、ESTすら登録されていないのが19ライン（5.9%）であった。既知遺伝子の中でタンパク質をコードしている遺伝子であるKEGG geneをトラップしていたのは234ライン（72.9%）であった。この中でトラップした遺伝子をKEGG PATHWAYにマップできたのは64ラインであった。ひとつの遺伝子が複数のパスウェイにマップされているため、EGTCマウスラインはトータル183パスウェイに関与していることが分かった。First Level Networkで一番多かったのは”5. Organismal Systems”（25%）であった。Second Level Networkに関しては、”3.2 Signal Transduction”（21ライン、11%）、”6.1 Cancers”（19ライン、10%）、”5.1 Immune System”（18ライン、10%）の順に多かった。単独のパスウェイで一番多かったのは”mmu01100 Metabolic pathways”（11ライン、6%）であった。